สมัยที่หลวงปู่ภู ยังแข็งแรงดี ท่านจะถือธุดงค์วัตรมาโดยตลอด พอออกพรรษา ท่านจะออกรุกขมูลมิได้ขาดท่านเคยเล่าให้ลูกศิษย์ฟังเสมอว่า ได้ร่วมเดินธุดงค์ไปกับท่านเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต) เป็นบางครั้งบางคราวบางทีท่านออกธุดงค์ก็มีพระภิกษุติดตามด้วยท่านได้เล่าให้ฟังว่า ถึงเรื่องแปลกๆที่ด้ออกรุกขมูลไปตามป่าเขามากมายหลายเรื่องซึ่งล้วนแล้วแต่ตื่นเต้นน่าอ่านมาก

ผจญจระเข้

ในสมัยที่เดินธุดงค์ มีอยู่คราวหนึ่ง ท่านได้ปักกลดพักอยู่ใกล้บึงใหญ่แห่งหนึ่ง ใกล้บริเวณนั้นมีหมู่บ้านเล็กๆ ที่ชาวบ้านปลูกอาศัยอยู่ ๒-๓ หลัง ขณะนั้นเป็นเวลาใกล้เที่ยงวัน อากาศร้อนอบอ้าว ท่านจึงได้ผลัดผ้า-อาบ และลงสรงน้ำในบึงใหญ่ พอดีชาวบ้านแถบนั้นเห็นเข้า จึงได้ร้องตะโกนบอกท่านว่า “หลวงตาอย่าลงไป มีจระเข้ดุ” แต่ท่านมิได้สนใจ ในคำร้องเตือนของชาวบ้าน ท่านกลับเดินลงสรงน้ำในบึงอย่างสบายใจ ในขณะที่กำลังสรงน้ำอยู่นั้น ท่านได้แลเห็นพรายน้ำเป็นฟองขึ้นเบื้องหน้ามากมายผิดปกติ เมื่อได้เพ็งแลไปจึงได้เห็นหัวจระเข้โผล่ขึ้นมาเหนือน้ำ ห่างจากตัวท่านประมาณ ๓ วา พร้อมกันนั้นเจ้าจระเข้ยักษ์ มันหันหัวมุ่งตรงรี่มาหาท่านแต่ท่านก็มิได้แสดงกิริยาหวาดวิตกแต่ประการใดไม่ กลับยืนสงบตั้งจิตอธิษฐานเจริญภาวนาจนจระเข้ว่ายมาถึงตัวท่าน พร้อมกับเอาปากมาดุนที่สีข้างของท่านทั้งด้านซ้ายและด้านขวา ข้างละ ๓ ครั้ง แล้วก็ว่ายออกไป มิได้ทำร้ายท่าน

เรื่องนี้เป็นที่น่าอัศจรรย์ต่อชาวบ้านที่ยืนดูอยู่บนฝั่ง เมื่อท่านขึ้นจากน้ำชาวบ้านต่างบอกสมัครพรรคพวก เข้าไปกราบนมัสการด้วยความเลื่อมใสศรัทธายิ่งนักและได้ขอของดีจากท่านคือ ตะกรุด ท่านได้บอกกับลูกศิษย์ว่าในขณะที่เผชิญกับจระเข้ ท่านได้เจริญภาวนา อรหัง เท่านั้น

เสือเลียศีรษะ

ท่านได้เล่าให้ฟัง คราวที่เดินธุดงค์รอนแรมไปในป่าใหญ่เพียงองค์เดียวในขณะที่เดินอยู่กลางป่า ขณะนั้นเป็นเวลาบ่ายมากแล้ว พร้อมกับร่างกายเหนื่อยล้า อ่อนเพลียมาก เพราะท่านออกเดินทางตั้งแต่เช้ายังมิได้หยุดพักเลย พอเห็นต้นไม้ใหญ่ที่อยู่ริมทางเกวียนร่มรื่นดี จึงได้หยุดพักอยู่โคนต้นไม้นั้น บังเอิญเกิดเคลิ้มหลับไป ทั้งๆ ที่ยังไม่ได้ปักกลดเพราะคิดว่าจะนั่งพักสักครู่พอหายเหนื่อยก็จะเดินทางต่อไปในขณะที่กำลังหลับเพลินอยู่นั้น ก็มาสดุ้งตื่นอีกครั้ง เมื่อรู้สึกว่ามีอะไรมาเลียอยู่บนศีรษะของท่าน ท่านจึงได้ผงกศีรษะขึ้นพร้อมกับหันหลังไปดู ก็เห็นเสือลายพาดกลอนขนาดใหญ่ยาวประมาณ ๘ ศอก ยืนผงาดอยู่แต่มิได้ทำร้ายประกานใด พอเจ้าเสือลายพาดกลอน มันรู้ว่าสิ่งที่มันเลียอยู่นั้นรู้สึกตัวตื่นขึ้น มันกลับเดินเลยไปเสียมิได้ทำร้าย ท่านได้เล่าให้ลูกศิษย์ฟังพร้อมกับหัวเราะ หึ หึ ว่า ตอนเสือมันเดินผ่านไป ได้ยินเสียงข้อเท้าของมันดังเผาะๆ ในเวลาเดิน

ผจญงูยักษ์

เนื่องจากการเดินธุดงค์ของท่าน ออกจะแปลกสักหน่อย ตรงที่ไม่ค่อยเลือกเวลา เพราะว่าส่วนมากพระภิกษุองค์อื่นๆ มักจะเดินกันตอนกลางวัน ก่อนตะวันตกดินถึงจะหาสถานที่ปักกลด ส่วนหลวงปู่ภู ท่านมิได้เดินเฉพาะกลางวันเท่านั้น ตอนกลางคืนท่านก็ออกเดินด้วยเพราะท่านเชื่อมั่นในตัวเอง อีกทั้งวิชาอาคมที่ได้ร่ำเรียนมา ท่านก็ถือว่า สามารถคุ้มกายท่านได้

มีอยู่คราวหนึ่ง ท่านได้ออกเดินธุดงค์ในเวลากลางคืน โดยอาศัยแสงจันทร์ เป็นเครื่องส่องนำทาง แต่ก็ไม่สว่างมากนัก พอจะมองเห็นบ้างทั้งนี้ เพื่อจะมุ่งหน้าไปถึงหมู่บ้านตอนเช้า เพื่อรับบิณฑบาต การเดินทางกลางป่าดงดิบรกรุงรังไปด้วยแมกไม้นานาชนิด อีกทั้งเถาวัลย์ระแกะระกะเต็มไปหมด แต่ก็ไม่เป็นอุปสรรคต่อท่านนัก

ในขณะที่ท่านกำลังเดินผ่านสถานที่แห่งหนึ่ง ก็ได้ยินเสียงซู่ๆ และเสียงใบไม้ดังกรอบแกลบคล้ายเสียงสัตว์เลื้อยคลานผ่านท่านก็หยุดเดิน เพื่อดูให้แน่ว่าเป็นเสียงอะไร พอท่านหยุดเดินเจ้างูยักษ์ก็โผล่หัวออกมาจากดงไม้ ตัวโตเท่าโคนขาและตรงเข้ารัดลำตัวของท่านโดยรอบ ท่านตั้งสติยืนตรงพร้อมกับเอากลดยันไว้มิได้ล้มลง เจ้างูยักษ์ยันพยายามจะฉกกัดใบหน้าของท่าน แต่ท่านได้สติ ยืนนิ่งทำสมาธิจิตเจริญภาวนาอยู่ครู่หนึ่ง เจ้างูใหญ่ตัวนั้นมันก็คลายจากการรัดร่างของท่านแล้วเลื้อยเข้าป่ารกไป มิได้ทำอันตรายแก่ท่าน